台灣特有種植物
山羊百科，林文智老師的植物、山岳、攝影紀錄
參考資料:Flora 二版第六冊名錄註記Endemic名錄
八十三千大小山五天木毛水火牛仙冬
八角科 Illiciaceae
- 台灣八角 Illicium arborescens Hayata （特有種）
十字花科 Brassicaceae
- 台灣筷子芥 Arabis formosana (Masam. ex S. F. Huang) Liu & Ying （特有種）
- 山芥菜 Barbarea orthoceras Ledeb. （瀕臨絕滅）
- 台灣山芥菜 Barbarea taiwaniana Ohwi （特有種）
- 阿玉碎米薺 Cardamine agyokumontana Hayata （特有種）
- 腎葉碎米薺 Cardamine reniformis Hayata （特有種）
- 台灣碎米薺 Cardamine hirsuta L. var. formosana Hayata. （特有種）
- 台灣假山葵 Cochlearia formosana Hayata （特有種）
- 台灣山薺 Draba sekiyana Ohwi （稀有）
三尖杉科 Cephalotaxaceae
- 台灣粗榧 Cephalotaxus wilsoniana Hayata （稀有）
大花草科 Rafflesiaceae
- 菱形奴草 Mitrastemon kanehirai Yamamoto （瀕臨絕滅）
- 台灣奴草 Mitrastemon kawasasakii Hayata （稀有）
大戟科 Euphorbiaceae
- 屏東鐵莧 Acalypha akoensis Hayata 併入台灣鐵莧 （特有種）
- 紅頭鐵莧 Acalypha hontauyuensis Keng （疑問種）
- 恆春鐵莧 Acalypha matudai Hayata （受到威脅）
- 小葉鐵莧 Acalypha minima Keng （特有種）
- 花蓮鐵莧 Acalypha suirenbiensis Yamamoto （稀有）
- 台灣山麻桿 Alchornea trewioides (Benth.) Muell.-Arg. var. formosae (Muell.-Arg.) Pax & Hoffm. （特有種）
- 南仁五月茶 Antidesma hiiranense Hayata （受到威脅）
- 南投五月茶 Antidesma japonicum Sieb. & Zucc. （特有種）
- 鵝鑾鼻大戟 Chamaesyce garanbiensis (Hayata) Hara （受到威脅）
- 新竹地錦 Chamaesyce hsinchuensis Lin & Chaw （特有種）
- 台西大戟 Chamaesyce taihsiensis Chaw & Koutnik （疑問種）
- 田代氏大戟 Chamaesyce tashiroi (Hayata) Hara （特有種）
- 交力坪鐵色 Drypetes karapinensis (Hayata) Pax （特有種）
- 台灣大戟 Euphorbia formosana Hayata （稀有）
- 霞山大戟 Euphorbia shouanensis Keng （疑問種）
- 太魯閣大戟 Euphorbia tarokoensis Hayata （受到威脅）
- 蘭嶼土沉香 Excoecaria kawakamii Hayata （受到威脅）
- 白樹仔 Gelonium aequoreum Hance （特有種）
- 台灣假黃楊 Liodendron formosanum (Kanehira & Sasaki) Keng （稀有）
- 臺灣白匏子 Mallotus paniculatus (Lam.) Muell. -Arg. var. formosanus (Hayata) Hurusawa （特有種）
- 新竹油柑 Phyllanthus oligospermus Hayata （特有種）
小檗科 Berberidaceae
- 長葉小蘗 Berberis aristatoserrulata Hayata （稀有）
- 高山小蘗 Berberis brevisepala Hayata （特有種）
- 清水山小蘗 Berberis chingshuiensis Shimizu （受到威脅）
- 台灣小蘗 Berberis kawakamii Hayata （特有種）
- 眠月小蘗 Berberis mingetsuensis Hayata （特有種）
- 玉山小蘗 Berberis morrisonensis Hayata （特有種）
- 太魯閣小蘗 Berberis tarokoensis Lu & Yang （受到威脅）
- 阿里山十大功勞 Mahonia oiwakensis Hayata （特有種）
山柑科 Capparaceae
- 魚木 Crateva adansonii DC. subsp. formosensis Jacobs （特有種）
山茱萸科 Cornaceae
- 台灣青莢葉 Helwingia japonica (Thunb.) Dietr. subsp. taiwaniana Y. P. Yang & H. Y. Liu （特有種）
山龍眼科 Proteaceae
- 蓮花池山龍眼 Helicia rengetiensis Masam. （特有種）
五加科 Araliaceae
- 台灣八角金盤 Fatsia polycarpa Hayata （特有種）
- 台灣常春藤 Hedera rhombea (Miq.) Bean var. formosana (Nakai) Li （特有種）
- 台灣五葉參 Pentapanax castanopsisicola Hayata （特有種）
- 台灣鵝掌柴 Schefflera taiwaniana (Nakai) Kanehira （特有種）
- 華參 Sinopanax formosana (Hayata) Li （特有種）
五味子科 Schisandraceae
- 阿里山五味子 Schisandra arisanensis Hayata （特有種）
天南星科 Araceae
- 台灣魔芋 Amorphophallus henryi N. E. Br. （特有種）
- 密毛魔芋 Amorphophallus hirtus N. E. Br. （稀有）
- 台灣天南星 Arisaema formosanum (Hayata) Hayata （特有種）
- 毛筆天南星 Arisaema grapsospadix Hayata （特有種）
- 宜蘭天南星 Arisaema ilanense J. C. Wang （疑問種）
- 線花天南星 Arisaema matsudae Hayata （特有種）
- 南仁山天南星 Arisaema nanjenense T. C. Huang & M. J. Wu （疑問種）
- 蓬萊天南星 Arisaema taiwanense J. Murata （特有種）
- 短梗天南星 Arisaema taiwanense J. Murata var. brevipedunculatum J. Murata 併入蓬萊天南星 （疑問種）
- 東台天南星 Arisaema thunbergii Blume subsp. autumnale J. C. Wang, J. Murata & H. Ohashi （疑問種）
- 臺灣青芋 Colocasia formosana Hayata （特有種）
- 台灣拎樹藤 Epipremnum formosanum Hayata （疑問種）
- 基隆扁葉芋 Homalomena kelungensis Hayata （疑問種）
- 蘭嶼芋 Schismatoglottis kotoensis (Hayata) T. C. Huang （受到威脅）
木通科 Lardizabalaceae
- 紫花野木瓜 Stauntonia purpurea Y. C. Liu & F. Y. Lu （特有種）
木犀科 Oleaceae
- 玉山女貞 Ligustrum morrisonense Kanehira & Sasaki （稀有）
- 異葉木犀 Osmanthus heterophyllus (G. Don) P. S. Green （特有種）
- 高氏木犀 Osmanthus kaoi (Liu & Liao) S. Y. Lu （特有種）
- 銳葉木犀 Osmanthus lanceolatus Hayata （特有種）
木蘭科 Magnoliaceae
- 烏心石舅 Magnolia kachirachirai (Kanehira & Yamamoto) Dandy （稀有）
毛茛科 Ranunculaceae
- 蔓烏頭 Aconitum fukutomei Hayata var. formosanum (Tamura) Yang & Huang （稀有）
- 台灣烏頭 Aconitum fukutomei Hayata var. fukutomei （特有種）
- 屏東鐵線蓮 Clematis akoensis Hayata （稀有）
- 台灣鐵線蓮 Clematis formosana Kuntz. （稀有）
- 梨山小蓑衣藤 Clematis gouriana Roxb. ex DC. subsp. lishanensis Yang & Huang （特有種）
- 森氏鐵線蓮 Clematis henryi Oliv. var. morii (Hayata) Yang & Huang （特有種）
- 巴氏鐵線蓮 Clematis parviloba Gard. ex Champ. subsp. bartlettii (Yamamoto) Yang （稀有）
- 台灣草牡丹 Clematis psilandra Kitagawa （稀有）
- 田村氏鐵線蓮 Clematis tamurae Yang & Huang （特有種）
- 鵝鑾鼻鐵線蓮 Clematis terniflora DC. var. garanbiensis (Hayata) M. C. Chang （受到威脅）
- 高山鐵線蓮 Clematis tsugetorum Ohwi （稀有）
- 掌葉毛莨 Ranunculus cheirophyllus Hayata （特有種）
- 蓬萊毛茛 Ranunculus formosa-montanus Ohwi （特有種）
- 高山毛茛 Ranunculus junipericola Ohwi （特有種）
- 森氏毛莨 Ranunculus morii (Yamamoto) Ohwi （瀕臨絕滅）
- 南湖毛茛 Ranunculus nankotaizanus Ohwi （疑問種）
- 鹿場毛茛 Ranunculus taisanensis Hayata （疑問種）
- 密葉唐松草 Thalictrum myriophyllum Ohwi （稀有）
- 南湖唐松草 Thalictrum rubescens Ohwi （稀有）
- 玉山唐松草 Thalictrum sessile Hayata （稀有）
- 大花傅氏唐松草 Thalictrum urbaini Hayata var. majus T. Shimizu （稀有）
- 傅氏唐松草 Thalictrum urbaini Hayata var. urbaini （特有種）
- 台灣金蓮花 Trollius taihasenzanensis Masam. （稀有）
水玉簪科 Burmanniaceae
- 台灣水玉杯 Thismia taiwanensis Yang, Saunders & Hsu （瀕臨絕滅）
水蕹科 Aponogetonaceae
- 水蕹 Aponogeton taiwanensis Masam. （疑問種）
冬青科 Aquifoliaceae
- 阿里山冬青 Ilex arisanensis Yamamoto （稀有）
- 苗栗冬青 Ilex bioritsensis Hayata （特有種）
- 早田氏冬青 Ilex hayataiana Loes. （特有種）
- 忍冬葉冬青 Ilex lonicerifolia Hayata var. lonicerifolia （稀有）
- 松田氏冬青 Ilex lonicerifolia Hayata var. matsudai Yamamoto （稀有）
- 拉拉山冬青 Ilex rarasanensis Sasaki （稀有）
- 鈴木冬青 Ilex suzukii S. Y. Hu （特有種）
- 雪山冬青 Ilex tugitakayamensis Sasaki （稀有）
- 雲南冬青 Ilex yunnanensis Fr. var. parvifolia (Hayata) S. Y. Hu （特有種）
玄玉甘田石禾列安灰百竹肉西夾忍杜
玄參科 Scrophulariaceae
- 南湖碎雪草 Euphrasia nankotaizanensis Yamamoto （稀有）
- 太魯閣小米草 Euphrasia tarokoana Ohwi （受到威脅）
- 玉山小米草 Euphrasia transmorrisonensis Hayata （特有種）
- 台灣碎雪草 Euphrasia transmorrisonensis Hayata var. durietziana (Ohwi) T. C. Hu （稀有）
- 桃園石龍尾 Limnophila taoyuanensis Yuen P. Yang & S. H. Yen （瀕臨絕滅）
- 台南見風紅 Lindernia scutellariiformis Yamazaki （特有種）
- 高山通泉草 Mazus alpinus Masam. （特有種）
- 佛氏通泉草 Mazus fauriei Bonati （特有種）
- 台南通泉草 Mazus tainanensis T. H. Hsieh （疑問種）
- 台灣泡桐 Paulownia × taiwaniana T. W. Hu. & H. J. Chang （特有種）
- 高山馬先蒿 Pedicularis ikomai Sasaki （稀有）
- 雙鋸齒玄參 Scrophularia yoshimurae Yamazaki （特有種）
- 玉山水苦藚 Veronica morrisonicola Hayata （特有種）
- 貧子水苦藚 Veronica oligosperma Hayata （特有種）
- 台灣水苦藚 Veronica taiwanica Yamazaki （稀有）
- 新竹腹水草 Veronicastrum axillare (Siebold & Zucc.) Yamaz. var. simadae (Masam.) H. Y. Liu （疑問種）
- 台灣腹水草 Veronicastrum formosanum (Masam.) Yamazaki （疑問種）
- 高山腹水草 Veronicastrum kitamurae (Ohwi) Yamazaki （疑問種）
田麻科 Tiliaceae
- 短莖繩黃麻 Corchorus aestuans L. var. brevicaulis (Hosok.) Liu & Lo （特有種）
- 菱葉捕魚木 Grewia rhombifolia Kanehira & Sasaki （特有種）
石竹科 Caryophyllaceae
- 亞毛無心菜 Arenaria subpilosa (Hayata) Ohwi （特有種）
- 高山無心菜 Arenaria takasagomontana (Masam.) S. S. Ying （特有種）
- 阿里山卷耳 Cerastium arisanensis Hayata （特有種）
- 台灣卷耳 Cerastium formosanum Ohwi （特有種）
- 小瓣卷耳 Cerastium parvipetalum Hosok. （特有種）
- 玉山卷耳 Cerastium trigynum Vill. var. morrisonense (Hayata) Hayata （特有種）
- 巴陵石竹 Dianthus palinensis S. S. Ying （疑問種）
- 玉山石竹 Dianthus pygmaeus Hayata （特有種）
- 白花玉山石竹 Dianthus pygmaeus Hayata forma albiflorus (S. S. Ying) S. S. Ying （特有種）
- 台灣瞿麥 Dianthus superbus L. var. taiwanensis (Masam.) Liu & Ying （疑問種）
- 基隆蠅子草 Silene fortunei Vis. var. kiruninsularis (Masam.) Ying （特有種）
- 南湖大山蠅子草 Silene glabella (Ohwi) Hayata, S. S. Ying （疑問種）
- 台灣蠅子草 Silene morii Hayata （特有種）
- 玉山蠅子草 Silene morrison-montana (Hayata) Ohwi & Ohashi （特有種）
- 高山蠅子草 Silene transalpina (Hayata) S. S. Ying （特有種）
- 賽繁縷 Stellaria media (L.) Cyrill var. procera Klett & Richt. （特有種）
- 小花繁縷 Stellaria micrantha Hayata （特有種）
- 網脈繁縷 Stellaria reticulivena Hayata （特有種）
禾本科 Poaceae
- 台灣鵝觀草 Agropyron formosanum Honda （特有種）
- 阿里山翦股穎 Agrostis infirma Buse var. arisan-montana (Ohwi) Veldkamp （特有種）
- 伯明翦股穎 Agrostis infirma Buse var. fukuyamae (Ohwi) Veldkamp （特有種）
- 粗梗藎草 Arthraxon pauciflorus Honda （瀕臨絕滅）
- 內門竹 Arthrostylidium naibunensis (Hayata) Lin （受到威脅）
- 台灣矢竹 Arundinaria kunishii Hayata （特有種）
- 包籜矢竹 Arundinaria usawai Hayata （特有種）
- 長枝竹 Bambusa dolichoclada Hayata （特有種）
- 火廣竹 Bambusa dolichomerithalla Hayata （特有種）
- 長毛八芝蘭竹 Bambusa pachinensis Hayata var. hirsutissima (Odashima) Lin （特有種）
- 八芝蘭竹 Bambusa pachinensis Hayata var. pachinensis （特有種）
- 烏葉竹 Bambusa utilis Lin （特有種）
- 川上短柄草 Brachypodium kawakamii Hayata （特有種）
- 台灣雀麥 Bromus formosanus Honda （特有種）
- 綠島細柄草 Capillipedium kwashotensis (Hayata) C. C. Hsu （受到威脅）
- 水山野青茅 Deyeuxia suizanensis (Hayata) Ohwi （特有種）
- 佛歐里馬唐 Digitaria fauriei Ohwi （特有種）
- 大絨馬唐 Digitaria magna (Honda) Tsuyama （特有種）
- 絨馬唐 Digitaria mollicoma (Kunth) Henrard （特有種）
- 絹毛馬唐 Digitaria sericea (Honda) Honda （特有種）
- 台灣油芒 Eccoilopus formosanus (Rendle) A. Camus （瀕臨絕滅）
- 佛歐里畫眉草 Eragrostis fauriei Ohwi （疑問種）
- 毛葉知風草 Eragrostis pilosiuscula Ohwi （受到威脅）
- 紫台蔗茅 Erianthus formosanus Stapf （特有種）
- 台灣羊茅 Festuca formosana Honda （特有種）
- 屏東鴨嘴草 Ischaemum akonense Honda （特有種）
- 毛穗鴨嘴草 Ischaemum aristatum L. var. momiyamai (Honda) C. C. Hsu （特有種）
- 小黃金鴨嘴草 Ischaemum setaceum Honda （特有種）
- 囊桴竹 Leptaspis formosana C. C. Hsu （瀕臨絕滅）
- 法利莠竹 Microstegium fauriei (Hayata) Honda （特有種）
- 曲膝莠竹 Microstegium geniculatum (Hayata) Honda （特有種）
- 短軸莠竹 Microstegium glaberrimum (Honda) Koidz. （特有種）
- 相馬莠竹 Microstegium somai (Hayata) Ohwi （特有種）
- 石竹 Phyllostachys lithophila Hayata （特有種）
- 桂竹 Phyllostachys makinoi Hayata （特有種）
- 台灣早熟禾 Poa formosae Ohwi （特有種）
- 南湖大山早熟禾 Poa nankoensis Ohwi （特有種）
- 基隆早熟禾 Poa sphondyodes Trin. var. kelungensis (Ohwi) Ohwi （受到威脅）
- 高山早熟禾 Poa taiwanicola Ohwi （特有種）
- 高砂早熟禾 Poa takasagomontana Ohwi （特有種）
- 細桿早熟禾 Poa tenuicula Ohwi （特有種）
- 尖葉裂稃草 Schizachyrium fragile (R. Br.) A. Camus var. shimadae (Ohwi) C. C. H （疑問種）
- 台南大油芒 Spodiopogon tainanensis Hayata （特有種）
- 其昌假蛇尾草 Thaumastochloa chenii C. C. Hsu （瀕臨絕滅）
- 台灣三毛草 Trisetum spicatum (L.) Rich. var. formosanum (Honda) Ohwi （特有種）
安息香科 Styracaceae
- 烏皮九芎 Styrax formosana Matsum. （特有種）
- 恒春野茉莉 Styrax formosana Matsum. var. hayataiana (Perkins) Li （特有種）
- 台灣野茉莉 Styrax matsumuraei Perkins （稀有）
灰木科 Symplocaceae
- 薄葉灰木 Symplocos eriostroma Hayata （特有種）
- 恆春灰木 Symplocos koshunensis Kaneh. （瀕臨絕滅）
- 擬日本灰木 Symplocos migoi Nagam. （特有種）
- 小葉白筆 Symplocos modesta Brand （特有種）
- 玉山灰木 Symplocos morrisonicola Hayata （特有種）
- 能高山灰木 Symplocos nokoensis (Hayata) Kanehira （受到威脅）
- 佐佐木氏灰木 Symplocos sasakii Hayata （受到威脅）
- 希蘭灰木 Symplocos shilanensis Y. C. Liu & F. Y. Lu （受到威脅）
百合科 Liliaceae
- 玉山蒜 Allium morrisonense Hayata （特有種）
- 台灣蜘蛛抱蛋 Aspidistra elatior Blume var. attenuata (Hay.) S.S.Ying （特有種）
- 阿里山假寶鐸花 Disporopsis arisanensis Hayata （特有種）
- 台灣假寶鐸花 Disporopsis taiwanensis S.S.Ying （特有種）
- 台灣寶鐸花 Disporum cantoniense (Lour.) Merr. var. kawakamii (Hayata) H. Hara （特有種）
- 南投寶鐸花 Disporum nantouense S.S.Ying （特有種）
- 山寶鐸花 Disporum sessile D. Don ex Schultes var. shimadai (Hayata) H. Hara （特有種）
- 台灣胡麻花 Helonias umbellata Baker （疑問種）
- 台灣百合 Lilium longiflorum Thunb. var. formosanum Baker （特有種）
- 粗莖麝香百合 Lilium longiflorum Thunb. var. scabrum Masam. （特有種）
- 細葉麥門冬 Liriope graminifolia (L.) Baker （特有種）
- 台東七葉一枝花 Paris polyphylla Smith var. taitungensis (Ying) Ying （特有種）
- 高氏球子草 Peliosanthes kaoi Ohwi （特有種）
- 台灣黃精 Polygonatum altelobatum Hayata （稀有）
- 清水山黃精 Polygonatum chingshuishanianum S. S. Ying （疑問種）
- 萬年青 Rohdea japonica (Thunb.) Roth var. watanabei (Hay.) Ying （稀有）
- 台灣油點草 Tricyrtis formosana Baker （特有種）
- 毛果油點草 Tricyrtis lasiocarpa Matsumura （特有種）
- 卵葉油點草 Tricyrtis ovatifolia S. S. Ying （特有種）
- 鈴木氏油點草 Tricytis suzukii Masamune （受到威脅）
- 台灣藜蘆 Veratrum formosanum Loes. （特有種）
- 雪山黎蘆 Veratrum shueshanarum S. S. Ying （特有種）
西番蓮科 Passifloraceae
- 假西番蓮 Adenia formosana Hayata （疑問種）
夾竹桃科 Apocynaceae
- 蘭嶼念珠藤 Alyxia insularis Kanehira & Sasaki （特有種）
- 台灣念珠藤 Alyxia taiwanensis S. Y. Lu & Yuen P. Yang （特有種）
- 大錦蘭 Anodendron benthamiana Hemsl. （特有種）
- 台灣牛皮消 Cynanchum formosanum (Maxim.) Hemsl. ex Forbes & Hemsl. （特有種）
- 蘭嶼牛皮消 Cynanchum lanhsuense Yamazaki （疑問種）
- 風不動 Dischidia formosana Maxim. （特有種）
- 布朗藤 Heterostemma brownii Hayata （特有種）
- 山橙 Melodinus angustifolius Hayata （稀有）
- 台灣絡石 Trachelospermum formosanum Liu & Ou （特有種）
- 蘭嶼絡石 Trachelospermum lanyuense C. E. Chang （受到威脅）
- 疏花鷗蔓 Tylophora oshimae Hayata （疑問種）
- 台灣鷗蔓 Tylophora taiwanensis Hatusima （疑問種）
忍冬科 Caprifoliaceae
- 台灣糯米條 Abelia chinensis R. Br. var. ionandra (Hayata) Masam. （稀有）
- 無梗忍冬 Lonicera apodantha Ohwi （特有種）
- 川上氏忍冬 Lonicera kawakamii (Hayata) Masam. （稀有）
- 追分忍冬 Lonicera oiwakensis Hayata （稀有）
- 玉山糯米樹 Viburnum integrifolium Hayata （特有種）
- 小葉莢蒾 Viburnum parvifolium Hayata （稀有）
- 台灣蝴蝶花 Viburnum plicatum Thunb. var. formosanum Y. C. Liu & C. H. Ou （稀有）
- 台東莢蒾 Viburnum taitoense Hayata （特有種）
杜英科 Elaeocarpaceae
- 球果杜英 Elaeocarpus sphaericus (Gaertn.) Schumann var. hayatae (Kanehira & Sasaki) Chang （疑問種）
- 蘭嶼杜英 Elaeocarpus sylvestris (Lour.) Poir. var. lanyuensis (Chang) Chang （疑問種）
- 猴歡喜 Sloanea formosana Li （特有種）
杜鵑花科 Ericaceae
- 銳葉南燭 Lyonia ovalifolia (Wall.) Drude var. lanceolata (Wall.) Hand.-Mazz. （特有種）
- 南澳杜鵑 Rhododendron breviperulatum Hayata （特有種）
- 棲蘭山杜鵑 Rhododendron chilanshanense Kurashige （疑問種）
- 台灣杜鵑 Rhododendron formosanum Hemsl. （特有種）
- 南湖杜鵑 Rhododendron hyperythrum Hayata （特有種）
- 烏來杜鵑 Rhododendron kanehirai Wilson （瀕臨絕滅）
- 著生杜鵑 Rhododendron kawakamii Hayata （稀有）
- 細葉杜鵑 Rhododendron noriakianum T. Suzuki （特有種）
- 金毛杜鵑 Rhododendron oldhamii Maxim. （特有種）
- 長卵葉馬銀花 Rhododendron ovatum Planch. var. lamprophyllum (Hayata) Y. C. Liu, F. Y. Lu & C. H. Ou （疑問種）
- 玉山杜鵑 Rhododendron pseudochrysanthum Hayata （特有種）
- 紅毛杜鵑 Rhododendron rubropilosum Hayata var. rubropilosum （特有種）
- 台灣高山杜鵑 Rhododendron rubropilosum Hayata var. taiwanalpinum (Ohwi) S. Y. Lu, （特有種）
- 凹葉越橘 Vaccinium emarginatum Hayata （特有種）
- 毛蕊花 Vaccinium japonicum Miq. var. lasiostemon Hayata （特有種）
- 鞍馬山越橘 Vaccinium kengii C. E. Chang （疑問種）
- 高山越橘 Vaccinium merrillianum Hayata （特有種）
- 巒大越橘 Vaccinium randaiense Hayata （特有種）
- 台灣大葉越橘 Vaccinium wrightii Gray var. formosanum (Hayata) H. L. Li （稀有）
杉角豆車防使岩昆松芭芸虎金雨南柿柏
杉科 Taxodiaceae
- 巒大杉 Cunninghamia konishii Hayata （稀有）
- 台灣杉 Taiwania cryptomerioides Hayata （疑問種）
豆科 Fabaceae
- 黃花煉莢豆 Alysicarpus vaginalis (L.) DC. var. taiwanensis Ying （特有種）
- 台灣土圞兒 Apios taiwanianus Hosokawa （稀有）
- 南湖大山紫雲英 Astragalus nankotaizanensis Sasaki （瀕臨絕滅）
- 能高大山紫雲英 Astragalus nokoensis Sasaki （受到威脅）
- 澎湖決明 Cassia sophora L. var. penghuana Y. C. Liu & F. Y. Lu （疑問種）
- 鵝鑾鼻決明 Chamaecrista garambiensis (Hosok.) Ohashi （疑問種）
- 紅花假地藍 Crotalaria chiayiana Liu & Lu （特有種）
- 鵝鑾鼻野百合 Crotalaria similis Hemsl. （瀕臨絕滅）
- 雙節山螞蝗 Dendrolobium dispermum (Hay.) Schindl. （特有種）
- 疏花魚藤 Derris laxiflora Benth. （稀有）
- 細葉山螞蝗 Desmodium gracillium Hemsl. （受到威脅）
- 三裂葉扁豆 Dolichos trilobus L. var. kosyunensis (Hosokawa) Ohashi & Tateishi （受到威脅）
- 苗栗野豇豆 Dumasia miaoliensis Liu & Lu （受到威脅）
- 雜交野豇豆 Dumasia miaoliensis Y. C. Liu & F. Y. Lu × D. villosa DC. subsp. bicolor (Hayata) H. Ohashi & Tateishi （特有種）
- 台灣山黑扁豆 Dumasia villosa DC. subsp. bicolor (Hayata) Ohashi & Tateishi （特有種）
- 台灣鴨腱藤 Entada pursaetha DC. var. formosana (Kanehira) Ho （疑問種）
- 毛細花乳豆 Galactia tenuiflora (Klein ex Willd.) Wight & Arn. var. villosa (Wight & Arn.) Baker （特有種）
- 恆春皂莢 Gleditsia rolfei Vidal （受到威脅）
- 扁豆莢大豆 Glycine dolichocarpa Tateishi & Ohashi （稀有）
- 台灣大豆 Glycine max (L.) Merr. subsp. formosana (Hosokawa) Tateishi & Ohashi （稀有）
- 貓鼻頭木藍 Indigofera byobiensis Hosokawa （瀕臨絕滅）
- 腺葉木藍 Indigofera glandulifera Hay. （疑問種）
- 太魯閣木藍 Indigofera ramulosissima Hosokawa （瀕臨絕滅）
- 台灣木藍 Indigofera taiwaniana Huang & Wu （疑問種）
- 台灣馬鞍樹 Maackia taiwanensis Hoshi & Ohashi （受到威脅）
- 小葉魚藤 Millettia pulchra Kurz. var. microphylla Dunn （疑問種）
- 大血藤 Mucuna gigantea (Willd.) DC. subsp. tashiroi (Hay.) Ohashi & Tateish （瀕臨絕滅）
- 台灣紅豆樹 Ormosia formosana Kanehira （受到威脅）
- 恆春紅豆樹 Ormosia hengchuniana Huang （稀有）
- 台東葵草 Zornia intecta Mohlenb. （受到威脅）
防己科 Menispermaceae
- 土防己 Cyclea gracillima Diels （特有種）
- 台灣土防己 Cyclea ochiaiana (Yamamoto) S. F. Huang & T. C. Huang （特有種）
- 恆春青牛膽 Tinospora dentata Diels （受到威脅）
岩梅科 Diapensiaceae
- 李棟山裂緣花 Shortia rotundifolia (Maxim.) Makino var. ritoensis (Hayata) T. C. Huang & A. Hsiao （疑問種）
- 圓葉裂緣花 Shortia rotundifolia (Maxim.) Makino var. subcordata (Hayata) T. C. Huang & A. Hsiao （疑問種）
- 高山裂緣花 Shortia rotundifolia (Maxim.) Makino var. transalpina (Hayata) Yamazaki （疑問種）
松科 Pinaceae
- 台灣冷杉 Abies kawakamii (Hayata) Ito （特有種）
- 台灣油杉 Keteleeria formosana Hayata （瀕臨絕滅）
- 台灣雲杉 Picea morrisonicola Hayata （特有種）
- 台灣華山松 Pinus mastersiana Hayata （特有種）
- 台灣五葉松 Pinus morrisonicola Hayata （特有種）
- 台灣二葉松 Pinus taiwanensis Hayata （特有種）
- 台灣黃杉 Pseudotsuga wilsoniana Hayata （稀有）
- 台灣鐵杉 Tsuga formosana Hayata （特有種）
芭蕉科 Musaceae
- 台灣芭蕉 Musa formosana (Warb.) Hayata （特有種）
- 蘭嶼芭蕉 Musa insularimontana Hayata （瀕臨絕滅）
芸香科 Rutaceae
- 南庄橙 Citrus taiwanica Tanaka & Shimada （疑問種）
- 山黃皮 Murraya euchrestifolia Hayata （特有種）
- 長果月橘 Murraya paniculata (L.) Jack. var. omphalocarpa (Hayata) Swingle （受到威脅）
- 台灣黃蘗 Phellodendron amurense Rupr. var. wilsonii (Hayata & Kanehira) Chang （稀有）
- 阿里山茵芋 Skimmia japonica Thunb. subsp. distincte-venulosa (Hayata) T. C. Ho var. distincte-venulosa （特有種）
- 台灣茵芋 Skimmia japonica Thunb.subsp.distincte-venulosa (Hayata) T. C. Ho var. orthoclada (Hayata) T. C. Ho, stat. nov. （特有種）
- 三葉花椒 Zanthoxylum pistaciiflorum Hayata （瀕臨絕滅）
- 屏東花椒 Zanthoxylum wutaiense Chen （受到威脅）
虎皮楠科 Daphniphyllaceae
- 耿氏虎皮楠 Daphniphyllum glaucescens Bl. subsp. oldhamii (Hemsl.) Huang var. kengii (Hurusawa) Huang （特有種）
- 蘭嶼虎皮楠 Daphniphyllum glaucescens Bl. subsp. oldhamii (Hemsl.) Huang var. lanyuense Huang （特有種）
虎耳草科 Saxifragaceae
- 落新婦 Astilbe longicarpa (Hayata) Hayata （特有種）
- 阿里山落新婦 Astilbe macroflora Hayata （特有種）
- 台灣草紫陽花 Cardiandra formosana Hayata （稀有）
- 大武貓兒眼睛草 Chrysosplenium hebetatum Ohwi （稀有）
- 台灣貓兒眼睛草 Chrysosplenium lanuginosum Hook. f. & Thoms. var. formosanum (Hayata) Hara （特有種）
- 心基葉溲疏 Deutzia cordatula Li （稀有）
- 台灣溲疏 Deutzia taiwanensis (Maxim.) Schneider （特有種）
- 高山藤繡球 Hydrangea aspera D. Don （特有種）
- 長葉繡球 Hydrangea longifolia Hayata （特有種）
- 小花鼠刺 Itea parviflora Hemsl. （特有種）
- 台灣嗩吶草 Mitella formosana (Hayata) Masam. （特有種）
- 台灣茶藨子 Ribes formosanum Hayata （特有種）
金絲桃科 Clusiaceae
- 蘭嶼福木 Garcinia linii C. E. Chang （瀕臨絕滅）
- 台灣金絲桃 Hypericum formosanum Maxim. （稀有）
- 小雙花金絲桃 Hypericum geminiflorum Hemsl. var. simplicistylum (Hayata) Robson （特有種）
- 玉山金絲桃 Hypericum nagasawai Hayata （特有種）
- 清水金絲桃 Hypericum nakamurai (Masam.) Robson （受到威脅）
- 能高金絲桃 Hypericum nokoense Ohwi （疑問種）
- 方莖金絲桃 Hypericum subalatum Hayata （瀕臨絕滅）
金縷梅科 Hamamelidaceae
- 台灣瑞木 Corylopsis stenopetala Hayata （受到威脅）
- 細葉蚊母樹 Distylium gracile Nakai （受到威脅）
柿樹科 Ebenaceae
- 蘭嶼柿 Diospyros kotoensis Yamazaki （受到威脅）
柏科 Cupressaceae
- 台灣肖楠 Calocedrus formosana (Florin) Florin （受到威脅）
- 紅檜 Chamaecyparis formosensis Matsum. （特有種）
- 台灣扁柏 Chamaecyparis taiwanensis Masam. & Suzuki （稀有）
- 清水圓柏 Juniperus chinensis L. var. tsukusiensis Masam. （瀕臨絕滅）
柳流省秋紅胡茅苦茄香唇旅桔桑桃海
柳葉菜科 Onagraceae
- 合歡柳葉菜 Epilobium hohuanense Ying ex Chen, Hoch & Raven （特有種）
- 南湖柳葉菜 Epilobium nankotaizanense Yamamoto （稀有）
- 彭氏柳葉菜 Epilobium pengii Chen, Hoch & Raven （稀有）
- 台灣柳葉菜 Epilobium taiwanianum Chen, Hoch & Raven （受到威脅）
省沽油科 Staphyleaceae
- 山香圓 Turpinia formosana Nakai （特有種）
秋海棠科 Begoniaceae
- 南台灣秋海棠 Begonia austrotaiwanensis Chen & Peng （稀有）
- 武威山秋海棠 Begonia buimontana Yamamoto （特有種）
- 溪頭秋海棠 Begonia chitoensis Liu & Lai （特有種）
- 白斑水鴨腳 Begonia formosana (Hayata) Masamune forma albomaculata Liu & Lai （特有種）
- 鹿谷秋海棠 Begonia lukuana Liu & Ou （稀有）
- 南投秋海棠 Begonia nantoensis Lai & Chung （特有種）
- 岩生秋海棠 Begonia ravenii Peng & Chen （稀有）
- 台北秋海棠 Begonia × taipeiensis C. I Peng （特有種）
- 台灣秋海棠 Begonia taiwaniana Hayata （特有種）
- 太魯閣秋海棠 Begonia tarokoensis Lai （特有種）
胡椒科 Piperaceae
- 山椒草 Peperomia nakaharai Hayata （特有種）
- 紅莖椒草 Peperomia sui T. T. Lin & S. Y. Lu （疑問種）
- 恒春風藤 Piper kawakamii Hayata （特有種）
- 綠島風藤 Piper kwashoense Hayata 併入菲律賓胡椒 （受到威脅）
- 薄葉風藤 Piper sintenense Hatusima （特有種）
- 台灣荖藤 Piper taiwanense Lin & Lu （特有種）
胡頹子科 Elaeagnaceae
- 台灣胡頹子 Elaeagnus formosana Nakai （特有種）
- 蓬萊胡頹子 Elaeagnus formosensis Hatusima （特有種）
- 慈恩胡頹子 Elaeagnus grandifolia Hayata （特有種）
- 大橋胡頹子 Elaeagnus ohashii T. C. Huang （受到威脅）
- 太魯閣胡頹子 Elaeagnus tarokoensis Lu & Yang （受到威脅）
- 鄧氏胡頹子 Elaeagnus thunbergii Serv. （特有種）
苦木科 Simaroubaceae
- 臭椿 Ailanthus altissima (Miller) Swingle var. tanakai (Hayata) Sasaki （稀有）
苦苣苔科 Gesneriaceae
- 台灣苣苔 Epithema taiwanensis S. S. Ying var. taiwanensis （受到威脅）
- 蘭嶼石吊蘭 Lysionotus pauciflorus Maxim. var. ikedae (Hatusima) W. T. Wang （瀕臨絕滅）
- 短梗同蕊草 Rhynchotechum brevipedunculatum J. C. Wang （特有種）
- 玉玲花 Whytockia sasakii (Hayata) Burtt （稀有）
茄科 Solanaceae
- 白狗大山茄 Solanum peikuoensis S. S. Ying （特有種）
唇形科 Labiatae
- 疏花風輪菜 Clinopodium laxiflorum (Hayata) Mori var. laxiflorum （特有種）
- 台灣風輪菜 Clinopodium laxiflorum (Hayata) Mori var. taiwanianum T. H. Hsieh & T. C. Huang （受到威脅）
- 台灣白木草 Comanthosphace formosana Ohwi （受到威脅）
- 台灣錐花 Gomphostemma callicarpoides (Yamamoto) Masam. （稀有）
- 大苞偏穗花 Keiskea macrobracteata Masam. （受到威脅）
- 台灣假糙蘇 Paraphlomis formosana (Hayata) T. H. Hsieh & T. C. Huang （稀有）
- 絨萼舞子草 Paraphlomis tomentoso-capitata Yamamoto （稀有）
- 台灣刺蕊草 Pogostemon formosanus Oliv. （稀有）
- 高山夏枯草 Prunella vulgaris L. var. nanhutashanense S. S. Ying （疑問種）
- 阿里山紫花鼠尾草 Salvia arisanensis Hayata （疑問種）
- 台灣紫花鼠尾草 Salvia formosana (Murata) Yamazaki var. formosana （疑問種）
- 蕨葉紫花鼠尾草 Salvia formosana (Murata) Yamazaki var. matsudae (Kudo) T. C. Huang & J. T. Wu （疑問種）
- 早田氏鼠尾草 Salvia hayatana Makino ex Hayata （稀有）
- 隱藥鼠尾草 Salvia keitaoensis Hayata （疑問種）
- 黃花鼠尾草 Salvia nipponica Miq. var. formosana (Hayata) Kudo （稀有）
- 南台灣黃芩 Scutellaria austrotaiwanensis T. H. Hsieh & T. C. Huang （疑問種）
- 布烈氏黃芩 Scutellaria playfairii Kudo （特有種）
- 台灣黃芩 Scutellaria taiwanensis C. Y. Wu （疑問種）
- 田代氏黃芩 Scutellaria tashiroi Hayata （稀有）
- 鈴木草 Suzukia shikikunensis Kudo （稀有）
- 台灣香科科 Teucrium taiwanianum T.H. Hsieh & T.C. Huang （疑問種）
桔梗科 Campanulaceae
- 玉山沙參 Adenophora morrisonensis Hayata subsp. morrisonensis （特有種）
- 高山沙參 Adenophora morrisonensis Hayata subsp. uehatae (Yamamoto) Lammers （特有種）
- 玉山山奶草 Codonopsis kawakamii Hayata （特有種）
- 大本山梗菜 Lobelia seguinii H. Lév. & Vant. （特有種）
桑科 Moraceae
- 鵝鑾鼻藤榕 Ficus microcarpa L. f. var. oluangpiensis Liao （疑問種）
- 愛玉子 Ficus pumila L. var. awkeotsang (Makino) Corner （特有種）
- 蘭嶼落葉榕 Ficus ruficaulis Merr. var. antaoensis (Hayata) Hatus. & J. C. Liao （疑問種）
- 濱榕 Ficus tannoensis Hayata （特有種）
- 越橘葉蔓榕 Ficus vaccinioides Hemsl. ex King （特有種）
桑寄生科 Loranthaceae
- 高氏桑寄生 Loranthus kaoi (Chao) Kiu （稀有）
- 忍冬葉桑寄生 Scurrula lonicerifolia (Hayata) Danser （特有種）
- 恆春桑寄生 Scurrula pseudochinensis (Yamamoto) Y. C. Liu & K. L. Chen （稀有）
- 杜鵑桑寄生 Scurrula rhododendricola (Hayata) Danser （特有種）
- 李棟山桑寄生 Scurrula ritozanensis (Hayata) Danser （特有種）
- 蓮華池寄生 Scurrula tsaii (Chiu) Yang and Lu （稀有）
- 松寄生 Taxillus matsudae (Hayata) Danser （特有種）
- 台灣槲寄生 Viscum alniformosanae Hayata （特有種）
- 刀葉槲寄生 Viscum multinerve (Hayata) Hayata （受到威脅）
桃金孃科 Myrtaceae
- 密脈赤楠 Syzygium densinervium Merr. var. insulare Chang （受到威脅）
- 細脈赤楠 Syzygium euphlebium (Hayata) Mori （特有種）
- 台灣赤楠 Syzygium formosanum (Hayata) Mori （特有種）
- 高士佛赤楠 Syzygium kusukusense (Hayata) Mori （稀有）
海桐科 Pittosporaceae
- 大葉海桐 Pittosporum daphniphylloides Hayata （特有種）
- 細葉疏果海桐 Pittosporum illicioides Makino var. angustifolium Huang ex Lu （受到威脅）
浮狸草茶茨馬珙茜商密敗旋旌梧清眼
茶科 Theaceae
- 台灣楊桐 Adinandra formosana Hayata （特有種）
- 毛柱楊桐 Adinandra lasiostyla Hayata （特有種）
- 細葉茶梨 Anneslea lanceolata (Hayata) Kanehira （受到威脅）
- 武威山茶 Camellia buisanensis Sasaki （疑問種）
- 恆春山茶 Camellia hengchunensis Chang （瀕臨絕滅）
- 能高山茶 Camellia nokoensis Hayata （特有種）
- 台灣山茶 Camellia sinensis (L.) Ktze. f. formosensis Kitam. （特有種）
- 細葉山茶 Camellia tenuifolia (Hayata) Coh-Stuart （特有種）
- 阿里山茶 Camellia transarisanensis (Hayata) Coh-Stuart （特有種）
- 泛能高山茶 Camellia transnokoensis Hayata （特有種）
- 長果紅淡比 Cleyera japonica Thunb. var. longicarpa (Yamamoto) Ling & Hsieh （特有種）
- 森氏紅淡比 Cleyera japonica Thunb. var. morii (Yamamoto) Masam. （特有種）
- 太平紅淡比 Cleyera japonica Thunb. var. taipinensis Keng （特有種）
- 假柃木 Eurya crenatifolia (Yamamoto) Kobuski （特有種）
- 厚葉柃木 Eurya glaberrima Hayata var. glaberrima （特有種）
- 清水山柃木 Eurya glaberrima Hayata var. taitungensis (Chang) Y. P. Yang & S. Z. Yang （疑問種）
- 薄葉柃木 Eurya leptophylla Hayata （特有種）
- 南仁山柃木 Eurya nanjenshanensis (Hsieh, Ling & Yang) S. Z.Yang & S.Y. Lu （稀有）
- 蓮華池柃木 Eurya rengechiensis Yamamoto （受到威脅）
- 粗毛柃木 Eurya strigillosa Hayata （特有種）
- 港口木荷 Schima superba Gard. & Champ. var. kankaoensis (Hayata) Keng （特有種）
馬兜鈴科 Aristolochiaceae
- 瓜葉馬兜鈴 Aristolochia cucurbitifolia Hayata （特有種）
- 鴛鴦湖細辛 Asarum crassusepalum S. F. Huang, T. H. Hsieh & T. C. Huang （疑問種）
- 上花細辛 Asarum epigynum Hayata （特有種）
- 大花細辛 Asarum macranthum Hook. f. （受到威脅）
- 太平山細辛 Asarum taipingshanianum S. F. Huang, T. H. Hsieh & T. C. Huang （特有種）
馬鞭草科 Verbenaceae
- 六龜粗糠樹 Callicarpa formosana Rolfe var. glabrata T. T. Chen, S. M. Chaw & Yuen P. Yang （特有種）
- 長葉杜虹花 Callicarpa formosana Rolfe var. longifolia Suzuki （特有種）
- 灰背葉紫珠 Callicarpa hypoleucophylla W. F. Lin & I. L. Wang （受到威脅）
- 細葉紫珠 Callicarpa pilosissima Maxim. （特有種）
- 巒大紫珠 Callicarpa randaiensis Hayata （特有種）
- 疏花紫珠 Callicarpa remotiflora Lin & Wang （稀有）
- 疏齒紫珠 Callicarpa remotiserrulata Hayata （稀有）
- 銳葉紫珠 Callicarpa tikusikensis Masam. （特有種）
- 花蓮海州常山 Clerodendrum ohwi Kanehira & Hatusima. （疑問種）
- 恆春臭黃荊 Premna hengchunensis S. Y. Lu & Yuen P. Yang （疑問種）
茜草科 Rubiaceae
- 無刺伏牛花 Damnacanthus angustifolius Hayata （特有種）
- 刺果豬殃殃 Galium echinocarpum Hayata （特有種）
- 圓葉豬殃殃 Galium formosense Ohwi （特有種）
- 福山氏豬殃殃 Galium fukuyamai Masam. （受到威脅）
- 森氏豬殃殃 Galium morii Hayata （稀有）
- 南湖大山豬殃殃 Galium nankotaizanum Ohwi （稀有）
- 台灣豬殃殃 Galium taiwanense Masam. （稀有）
- 太魯閣豬殃殃 Galium tarokoense Hayata （稀有）
- 臭涼喉茶 Hedyotis butensis Masam. （疑問種）
- 密毛雞屎樹 Lasianthus appressihirtus Simizu var. appressihirtus （特有種）
- 薄葉雞屎樹 Lasianthus microstachys Hayata （特有種）
- 清水氏雞屎樹 Lasianthus obliquinervis Merr. var. simizui T. S. Liu & J. M. Chao （疑問種）
- 台東雞屎樹 Lasianthus obliquinervis Merr. var. taitoensis (Simizu) T. S. Liu & J. M. Chao （特有種）
- 早田氏蛇根草 Ophiorrhiza hayatana Ohwi （特有種）
- 玉蘭草 Ophiorrhiza michelloides (Masamune) Lo （特有種）
- 直立紅藤草 Rubia akane Nakai var. erecta Masamune （特有種）
- 金劍草 Rubia lanceolata Hayata （特有種）
- 林氏茜草 Rubia linii Chao （特有種）
- 薄葉玉心花 Tarenna gracilipes (Hayata) Ohwi （特有種）
敗醬科 Valerianaceae
- 禿敗醬 Patrinia glabrifolia Yamamoto & Sasaki （特有種）
- 高山纈草 Valeriana kawakamii Hayata （特有種）
旋花科 Convolvulaceae
- 鈍葉朝顏 Argyreia formosana Ishigami ex Yamazaki （稀有）
- 台灣菟絲子 Cuscuta japonica Choisy var. formosana (Hayata) Yunck. （特有種）
梧桐科 Sterculiaceae
- 台灣梭羅樹 Reevesia formosana Sprague （特有種）
清風藤科 Sabiaceae
- 紫珠葉泡花 Meliosma callicarpifolia Hayata （稀有）
- 阿里山清風藤 Sabia transarisanensis Hayata （特有種）
莎莧蛇野鹿牻報景棕殼無番粟紫菱菊
莎草科 Cyperaceae
- 垂穗薹 Carex brachyathera Ohwi （特有種）
- 茶色扁果薹 Carex fulvorubescens Hayata （稀有）
- 劉氏薹 Carex liuii T. Koyama & Chuang （稀有）
- 夢佳宿柱薹 Carex manca Boott subsp. takasagoana (Akiyama) T. Koyama （稀有）
- 森氏薹 Carex morii Hayata （受到威脅）
- 直蕊宿柱薹 Carex orthostemon Hayata （稀有）
- 太魯閣薹 Carex purpureotincta Ohwi （瀕臨絕滅）
- 台灣疏花薹 Carex taiwanensis (Ohwi) Akiyama （稀有）
- 扁果薹 Carex urelytra Ohwi （稀有）
- 台南飄拂草 Fimbristylis microcarya F. Muell. var. tainanensis (Ohwi) H. Y. Liu （稀有）
- 白穗飄拂草 Fimbristylis shimadana Ohwi （瀕臨絕滅）
- 知本飄拂草 Fimbristylis subinclinata T. Koyama （瀕臨絕滅）
莧科 Amaranthaceae
- 台東青葙 Celosia taitoensis Hayata （疑問種）
野牡丹科 Melastomataceae
- 大野牡丹 Astronia ferruginea Elmer （稀有）
- 小金石榴 Bredia gibba Ohwi （特有種）
- 金石榴 Bredia oldhamii Hooker f. （特有種）
- 圓葉布勒德藤 Bredia rotundifolia Y. C. Liu & C. H.Ou （稀有）
- 台灣野牡丹藤 Medinilla formosana Hayata （受到威脅）
- 蘭嶼野牡丹藤 Medinilla hayataina Keng （瀕臨絕滅）
- 台灣厚距花 Medinilla taiwaniana Y. P. Yang & H. Y. Liu （特有種）
- 糙葉耳藥花 Melastoma scaberrima (Hayata) Y. P. Yang & H. Y. Lin （特有種）
鹿蹄草科 Pyrolaceae
- 斑紋鹿蹄草 Pyrola albo-reticulata Hayata （特有種）
- 玉山鹿蹄草 Pyrola morrisonensis (Hayata) Hayata （特有種）
牻牛兒苗科 Geraniaceae
- 單花牻牛兒苗 Geranium hayatanum Ohwi （特有種）
- 山牻牛兒苗 Geranium suzukii Masam. （特有種）
報春花科 Primulaceae
- 台灣排香 Lysimachia ardisioides Masam. （特有種）
- 清水山過路黃 Lysimachia chingshuiensis C.-I Peng & C. M. Hu （瀕臨絕滅）
- 黑點珍珠菜 Lysimachia nigropunctata Masam. （特有種）
- 玉山櫻草 Primula miyabeana Ito & Kawakami （特有種）
景天科 Crassulaceae
- 鵝鑾鼻燈籠草 Kalanchoe garambiensis Kudo （特有種）
- 小燈籠草 Kalanchoe gracilis Hance （特有種）
- 星果佛甲草 Sedum actinocarpum Yamamoto （特有種）
- 杉葉佛甲草 Sedum cryptomerioides Bart. & Yamamoto （特有種）
- 紅子佛甲草 Sedum erythrospermum Hayata （特有種）
- 小萼佛甲草 Sedum microsepalum Hayata （稀有）
- 玉山佛甲草 Sedum morrisonense Hayata （特有種）
- 能高佛甲草 Sedum nokoense Yamamoto （特有種）
- 尖萼佛甲草 Sedum parvisepalum Yamamoto （特有種）
- 石碇佛甲草 Sedum sekiteiense Yamamoto （受到威脅）
- 穗花八寶 Sedum subcapitatum Hayata （稀有）
棕櫚科 Arecaceae
- 台灣水藤 Calamus formosanus Becc. （特有種）
- 黃藤 Calamus quiquesetinervius Burret （特有種）
- 山檳榔 Pinanga tashiroi Hayata （瀕臨絕滅）
殼斗科 Fagaceae
- 單刺苦櫧 Castanopsis carlesii (Hemsl.) Hayata var. sessilis Nakai 併入長尾尖葉櫧 （疑問種）
- 細刺苦櫧 Castanopsis kusanoi Hayata （特有種）
- 谷園青剛櫟 Cyclobalanopsis glauca (Thunb.) Oerst. var. kuyuensis (Liao) Liao （特有種）
- 佳保臺圓果青剛櫟 Cyclobalanopsis globosa Lin & Liu forma. chiapautaiensis (Liao) Liao （特有種）
- 鬼石櫟 Lithocarpus castanopsisifolius (Hayata) Hayata （特有種）
- 柳葉石櫟 Lithocarpus dodoniifolius (Hayata) Hayata （受到威脅）
- 台灣石櫟 Lithocarpus formosanus (Hayata) Hayata （受到威脅）
- 阿里山三斗石櫟 Lithocarpus hancei (Benth.) Rehd. （特有種）
- 三斗石櫟 Pasania hancei (Benth.) Schottky var. ternaticupula (Hayata) Liao （特有種）
- 細葉三斗石櫟 Pasania hancei (Benth.)Schott var. ternaticupula (Hay.)Liao forma subreticulata (Hay.)Liao （特有種）
- 大葉石櫟 Lithocarpus kawakamii (Hayata) Schottky （特有種）
- 油葉石櫟 Lithocarpus konishii (Hayata) Schottky （特有種）
- 南投石櫟 Lithocarpus nantoensis (Hayata) Schottky （受到威脅）
- 浸水營石櫟 Lithocarpus shinsuiensis (Hayata & Kanehira) Nakai （受到威脅）
- 灰背櫟 Quercus hypophaea (Hayata) Kudo （受到威脅）
- 錐果櫟 Quercus longinux Hayata （特有種）
- 郭氏錐果椆 Cyclobalanopsis hypophaea (Hayata) Kudo （特有種）
- 紫背錐果櫟 Cyclobalanopsis longinux (Hayata) Schott. var. lativiolaciifolia Liao （特有種）
- 赤柯 Quercus morii Hayata （特有種）
- 波葉櫟 Quercus rapandifolia Liao （瀕臨絕滅）
- 狹葉櫟 Quercus stenophylloides Hayata （特有種）
- 太魯閣櫟 Quercus tarokoensis Hayata （特有種）
- 銳葉高山櫟 Quercus tatakaensis Tomiya （特有種）
無患子科 Sapindaceae
- 台灣欒樹 Koelreuteria henryi Dummer （特有種）
紫金牛科 Myrsinaceae
- 雨傘仔 Ardisia cornudentata Mez subsp. cornudentata （特有種）
- 玉山紫金牛 Ardisia cornudentata Mez subsp. morrisonensis (Hayata) Yang var. morrisonensis （特有種）
- 阿里山紫金牛 Ardisia cornudentata Mez subsp. morrisonensis (Hayata) Yang var. stenosepala (Hayata) Yang （特有種）
- 高士佛紫金牛 Ardisia kusukuensis Hayata （受到威脅）
- 裡菫紫金牛 Ardisia violacea (T. Suzuki) W. Z. Fang & K Yao （疑問種）
- 藤毛木槲 Embelia laeta (L.) Mez var. papilligera (Nakai) Walker （特有種）
- 賽山椒 Embelia lenticellata Hayata （特有種）
- 蘭嶼山桂花 Maesa lanyuensis Yuen P.Yang （疑問種）
紫草科 Boraginaceae
- 高山倒提壺 Cynoglossum alpestre Ohwi （受到威脅）
- 山豆根 Heliotropium formosanum I. M. Johnst. （特有種）
- 台灣附地草 Trigonotis formosana Hayata var. formosana （特有種）
- 台北附地草 Trigonotis formosana Hayata var. elevatovenosa (Hayata) S. D. Shen & J. C. Wang （特有種）
- 南湖附地草 Trigonotis nankotaizanensis (Sasaki) Masam. & Ohwi ex Masam. （受到威脅）
紫菫科 Fumariaceae
- 凹子黃菫 Corydalis pallida (Thunb.) Pers. var. sparsimamma (Ohwi) Ohwi 併入黃菫 （特有種）
菱科 Trapaceae
- 台灣菱 Trapa bicornis Osbeck var. taiwanensis (Nakai) Xiong （特有種）
菊科 Asteraceae
- 中原氏鬼督郵 Ainsliaea secundiflora Hayata （受到威脅）
- 蓬萊籟簫 Anaphalis horaimontana Masam. （疑問種）
- 山艾 Artemisia kawakamii Hayata （特有種）
- 細葉山艾 Artemisia morrisonensis Hayata （特有種）
- 玉山艾 Artemisia niitakayamensis Hayata （受到威脅）
- 高山艾 Artemisia oligocarpa Hayata （特有種）
- 太魯閣艾 Artemisia somai Hayata var. batakensis (Hayata) Kitam. （疑問種）
- 相馬氏艾 Artemisia somai Hayata var. somai （特有種）
- 雪山艾 Artemisia tsugitakaensis (Kitam.) Ling & Y. R. Ling （疑問種）
- 清水馬蘭 Aster chingshuiensis Y. C. Liu & C. H. Ou （受到威脅）
- 台灣山白蘭 Aster formosanus Hayata （特有種）
- 大武山紫菀 Aster itsunboshi Kitam. （疑問種）
- 玉山鐵桿蒿 Aster morrisonensis Hayata （瀕臨絕滅）
- 台灣狗娃花 Aster oldhamii Hemsl. （特有種）
- 台灣紺菊 Aster ovalifolius Kitam. （瀕臨絕滅）
- 台灣馬蘭 Aster taiwanensis Kitam. （特有種）
- 雪山馬蘭 Aster takasagomontanus Sasaki （受到威脅）
- 桃園馬蘭 Aster taoyuenensis S. S. Ying （瀕臨絕滅）
- 狹葉艾納香 Blumea linearis C.-I Peng & W. P. Leu （稀有）
- 阿里山薊 Cirsium arisanense Kitam. （特有種）
- 鱗毛薊 Cirsium ferum Kitam. （特有種）
- 細川氏薊 Cirsium hosokawae Kitam. （特有種）
- 白花小薊 Cirsium japonicum DC. var. takaoense Kitam. （受到威脅）
- 玉山薊 Cirsium kawakamii Hayata （特有種）
- 森氏薊 Cirsium morii Hayata （受到威脅）
- 鈴木氏薊 Cirsium suzukii Kitam. （稀有）
- 台灣假黃鵪菜 Crepidiastrum taiwanianum Nakai （瀕臨絕滅）
- 阿里山油菊 Dendranthema arisanense (Hayata) Y. Ling & C. Shih （特有種）
- 蓬萊油菊 Dendranthema horaimontana (Masam.) S. S. Ying （瀕臨絕滅）
- 森氏菊 Dendranthema morii (Hayata) Kitam. （受到威脅）
- 福山氏飛蓬 Erigeron morrisonensis Hayata var. fukuyamae (Kitam. ) Kitam. （特有種）
- 玉山飛蓬 Erigeron morrisonensis Hayata var. morrisonensis （特有種）
- 腺葉澤蘭 Eupatorium amabile Kitam. （特有種）
- 塔山澤蘭 Eupatorium chinense L. var. tozanense (Hayata) Kitam. （特有種）
- 高士佛澤蘭 Eupatorium clematideum (Wall. ex DC.) Sch. Bip. var. gracillimum (Hayata) C.-I Peng & S. W. Chung （受到威脅）
- 花蓮澤蘭 Eupatorium hualienense C. H. Ou, S. W. Chung and C. -I peng （特有種）
- 基隆澤蘭 Eupatorium kiirunense (Kitam.) C. H. Ou & S. W. Chung （特有種）
- 島田氏澤蘭 Eupatorium shimadai Kitam. （特有種）
- 白鳳菜 Gynura divaricata (L.) DC. subsp. formosana (Kitam.) F. G. Davies （特有種）
- 蘭嶼木耳菜 Gynura elliptica Yabe & Hayata （受到威脅）
- 森氏山柳菊 Hieracium morii Hayata （稀有）
- 能高刀傷草 Ixeridium transnokoense (Y. Sasaki) J. H. Pak & Kawano （特有種）
- 台灣稻槎草 Lapsanastrum takasei (Sasaki) J. H. Pak & K. Bremer （稀有）
- 玉山薄雪草 Leontopodium microphyllum Hayata （特有種）
- 高山橐吾 Ligularia kojimae Kitam. （受到威脅）
- 台灣劉寄奴 Nemosenecio formosanus (Kitam.) B. Nord （受到威脅）
- 台灣福王草 Notoseris formosana (Kitam.) C. Shih （特有種）
- 玉山蟹甲草 Parasenecio monantha (Diels) C.-I Peng & S. W. Chung （特有種）
- 能高蟹甲草 Parasenecio nokoensis ( Masam. & Suzuki) C.-I Peng & S. W. Chung （瀕臨絕滅）
- 半高野帚 Pertya simozawai Masam. （瀕臨絕滅）
- 台灣款冬 Petasites formosanus Kitam. （特有種）
- 玉山毛連菜 Picris hieracioides L. subsp. morrisonensis (Hayata) Kitam. （特有種）
- 高山毛連菜 Picris hieracioides L. subsp. ohwiana (Kitam. ) Kitam. （受到威脅）
- 恆春山苦藚 Pterocypsela × mansuensis (Hayata) C.-I Peng （特有種）
- 高山青木香 Saussurea glandulosa Kitam. （稀有）
- 關山青木香 Saussurea kanzanensis Kitam. （受到威脅）
- 奇萊青木香 Saussurea kiraisanensis Masam. （瀕臨絕滅）
- 小蔓黃菀 Senecio crataegifolius Hayata （稀有）
- 玉山黃菀 Senecio morrisonensis Hayata （特有種）
- 黃菀 Senecio nemorensis L. var. dentatus (Kitam.) H. Koyama （特有種）
- 台東黃菀 Senecio taitungensis S. S. Ying （特有種）
- 太魯閣千里光 Senecio tarokoensis C.-I Peng （瀕臨絕滅）
- 台灣破傘菊 Syneilesis intermedia (Hayata) Acta Phytotax. （瀕臨絕滅）
- 高山破傘菊 Syneilesis subglabrata (Yamam. & Sasaki) Kitam. （受到威脅）
- 台灣狗舌草 Tephroseris taitoensis (Hayata) Holub （瀕臨絕滅）
黃菫菝菖酢楊楓榆楝溝瑞落葫葡鼠漆
黃楊科 Buxaceae
- 琉球黃楊 Buxus liukiuensis Makino （特有種）
- 太魯閣黃楊 Buxus microphylla Sieb. & Zucc. subsp. sinica (Rehd. & Wils.) Hatusima var. tarokoensis Lu & Yang （疑問種）
菫菜科 Violaceae
- 喜岩菫菜 Viola adenothrix Hayata var. adenothrix （特有種）
- 雪山菫菜 Viola adenothrix Hayata var. tsugitakaensis (Masam.) Wang & Huang （特有種）
- 台灣菫菜 Viola formosana Hayata var. formosana （特有種）
- 川上氏菫菜 Viola formosana Hayata var. stenopetala (Hayata) Wang, Huang & Hashi （特有種）
- 台北菫菜 Viola nagasawai Makino & Hayata var. nagasawai （特有種）
- 普萊氏菫菜 Viola nagasawai Makino & Hayata var. pricei (W. Becker) Wang & Huang （特有種）
- 翠峰菫菜 Viola obtusa (Makino) Makino var. tsuifengensis Hashimoto （疑問種）
- 尖山菫菜 Viola senzanensis Hayata （特有種）
- 新竹菫菜 Viola shinchikuensis Yamamoto （特有種）
菝葜科 Smilacaceae
- 台中假土茯苓 Heterosmilax seisuiensis (Hayata) F. T. Wang & T. Tang （疑問種）
- 早田氏菝葜 Smilax hayatae T. Koyama （特有種）
- 密刺菝葜 Smilax horridiramula Hayata （稀有）
- 呂氏菝葜 Smilax luei T. Koyama （瀕臨絕滅）
- 南投菝葜 Smilax nantoensis T. Koyama （稀有）
酢醬草科 Oxalidaceae
- 大霸尖山酢漿草 Oxalis acetocella L. subsp. taemoni (Yamamoto) Huang & Huang （稀有）
楊柳科 Salicaceae
- 薄葉柳 Salix fulvopubescens Hayata var. doii (Hayata) Yang & Huang （特有種）
- 褐毛柳 Salix fulvopubescens Hayata var. fulvopubescens （特有種）
- 白毛柳 Salix fulvopubescens Hayata var. tagawana (Koidz.) Yang & Huang （特有種）
- 水社柳 Salix kusanoi (Hayata) Schneider （稀有）
- 關山嶺柳 Salix okamotoana Koidz. （瀕臨絕滅）
- 玉山柳 Salix taiwanalpina Kimura var. morrisonicola (Kimura) Yang & Huang （稀有）
- 高山柳 Salix taiwanalpina Kimura var. takasagoalpina (Koidz.) Ying （稀有）
- 台灣山柳 Salix taiwanalpina Kimura var. taiwanalpina （稀有）
- 水柳 Salix warburgii O. Seemen （特有種）
楓樹科 Aceraceae
- 樟葉槭 Acer albopurpurascens Hayata （特有種）
- 台灣三角楓 Acer buergerianum Miq var. formosanum (Hayata) Sasaki （瀕臨絕滅）
- 川上氏槭 Acer insulare Makino var. caudatifolium (Hayata) S. Y. Lu & Y. P. Yang 川上氏楓 尖葉槭（特有種）
- 台灣掌葉槭 Acer palmatum Thunb. var. pubescens Li （稀有）
- 台灣紅榨槭 Acer rubescens Hayata （特有種）
- 青楓 Acer serrulatum Hayata （特有種）
榆科 Ulmaceae
- 石朴 Celtis formosana Hayata （特有種）
- 小葉朴 Celtis nervosa Hemsl. （稀有）
- 阿里山榆 Ulmus uyematsui Hayata （特有種）
瑞香科 Thymelaeaceae
- 台灣瑞香 Daphne arisanensis Hayata （特有種）
- 白花瑞香 Daphne kiusiana Miq. var. atrocaulis (Rehder) Maekawa （特有種）
- 玉山瑞香 Daphne morrisonesis Chang （疑問種）
- 矮瑞香 Stellera formosana (Hayata) Li 併入玉山瑞香 （稀有）
- 紅蕘花 Wikstroemia mononectaria Hayata （疑問種）
- 台灣蕘花 Wikstroemia taiwanensis Chang （受到威脅）
葫蘆科 Cucurbitaceae
- 台灣羅漢果 Siraitia taiwaniana (Hayata) C. Jeffrey ex Lu & Zhang （稀有）
葡萄科 Vitaceae
- 蘭嶼粉藤 Cissus lanyuensis (Chang) F. Y. Lu （受到威脅）
- 翼莖粉藤 Cissus pteroclada Hayata （疑問種）
- 翼柄崖爬藤 Tetrastigma alatum Li （特有種）
- 三角鱉草 Tetrastigma dentatum (Hayata) Li （特有種）
- 台灣崖爬藤 Tetrastigma umbellatum (Hemsl.) Nakai （特有種）
- 基隆葡萄 Vitis kelungensis Moriyama （特有種）
- 小葉葡萄 Vitis thunbergii Sieb. & Zucc. var. taiwaniana Lu （特有種）
鼠李科 Rhamnaceae
- 阿里山黃鱔藤 Berchemia arisanensis Liu & Lu （疑問種）
- 奮起湖黃鱔藤 Berchemia fenchifuensis Wang & Lu （特有種）
- 清水鼠李 Rhamnus chingshuiensis Shimizu var. chingshuiensis （疑問種）
- 塔山鼠李 Rhamnus chingshuiensis Shimizu var. tashanensis Liu & Wang （特有種）
- 桶鉤藤 Rhamnus formosana Matsum. （特有種）
- 中原氏鼠李 Rhamnus nakaharae (Hayata) Hayata （特有種）
- 畢祿山鼠李 Rhamnus pilushanensis Liu & Wang （特有種）
- 巒大雀梅藤 Sageretia randaiensis Hayata （特有種）
- 翼核木 Ventilago elegans Hemsl. （特有種）
睡遠銀鳶鳳蒺蓴樟穀蓮蔥衛霉蔜蓼曇
睡菜科 Menyanthaceae
- 龍潭莕菜 Nymphoides lungtanensis S. P. Li, T. H. Hsieh & C. C. Lin （疑問種）
睡蓮科 Nymphaeaceae
- 台灣萍蓬草 Nuphar shimadai Hayata （瀕臨絕滅）
遠志科 Polygalaceae
- 巨葉花遠志 Polygala arcuata Hayata （稀有）
鳶尾科 Iridaceae
- 台灣射干 Belamcanda chinensis (L.) DC. var. taiwanensis Ying （疑問種）
- 台灣鳶尾 Iris formosana Ohwi （特有種）
- 南投鳶尾 Iris nantouensis Ying （特有種）
- 台灣射干 Belamcanda chinensis (L.) DC. var. taiwanensis Ying （受到威脅）
鳳仙花科 Balsaminaceae
- 棣慕華鳳仙花 Impatiens devolii Huang （受到威脅）
- 黃花鳳仙花 Impatiens tayemonii Hayata （稀有）
- 紫花鳳仙花 Impatiens uniflora Hayata （特有種）
樟科 Lauraceae
- 小葉樟 Cinnamomum brevipedunculatum C. E. Chang （稀有）
- 栳樹 Cinnamomum camphora (L.) Nees & Eberm. var. nominale Hayata 併入樟樹 （特有種）
- 台灣肉桂 Cinnamomum insulari-montanum Hayata （特有種）
- 牛樟 Cinnamomum kanehirae Hayata （稀有）
- 蘭嶼肉桂 Cinnamomum kotoense Kanehira & Sasaki （瀕臨絕滅）
- 胡氏肉桂 Cinnamomum macrostemon Hayata （疑問種）
- 土肉桂 Cinnamomum osmophloeum Kanehira （特有種）
- 土樟 Cinnamomum reticulatum Hayata （疑問種）
- 內苳子 Lindera akoensis Hayata （特有種）
- 屏東木薑子 Litsea akoensis Hayata （特有種）
- 竹頭角木薑子 Litsea akoensis Hayata var. chitouchiaoensis Liao 併入屏東木薑子 （疑問種）
- 狹葉木薑子 Litsea akoensis Hayata var. sasakii (Kamikoti) Liao 併入屏東木薑子 （疑問種）
- 黃肉樹 Litsea hypophaea Hayata （特有種）
- 李氏木薑子 Litsea lii Chang （稀有）
- 玉山木薑子 Litsea morrisonensis Hayata （特有種）
- 小西氏楠 Machilus konishii Hayata （特有種）
- 大葉楠 Machilus kusanoi Hayata （特有種）
- 恆春楨楠 Machilus obovatifolia (Hayata) Kanehira & Sasaki （受到威脅）
- 香楠 Machilus zuihoensis Hayata （特有種）
- 高山新木薑子 Neolitsea acuminatissima (Hayata) Kanehira & Sasaki （特有種）
- 石厝新木薑子 Neolitsea buisanensis Yamamoto & Kamikoti f. sutsuoensis J. C. Liao （特有種）
- 大武新木薑子 Neolitsea daibuensis Kamikoti （受到威脅）
- 南仁新木薑子 Neolitsea hiiranensis Liu & Liao （稀有）
- 小芽新木薑子 Neolitsea parvigemma (Hayata) Kanehira & Sasaki （稀有）
- 變葉新木薑子 Neolitsea variabilima (Hayata) Kanehira & Sasaki （特有種）
- 台灣檫樹 Sassafras randaiense (Hayata) Rehder （稀有）
蔥草科 Xyridaceae
- 桃園草 Xyris formosana Hayata （瀕臨絕滅）
衛矛科 Celastraceae
- 厚葉衛矛 Euonymus carnosus Hemsl. （特有種）
- 黃氏衛矛 Euonymus huangii H. Y. Liu & Y. P. Yang （玉山衛矛） （特有種）
- 淡綠葉衛矛 Euonymus pallidifolia Hayata （瀕臨絕滅）
- 刺果衛矛 Euonymus spraguei Hayata （特有種）
- 卵葉刺果衛矛 Euonymus trichocarpus Hayata （稀有）
- 佩羅特木 Perrottetia arisanensis Hayata （特有種）
霉草科 Triuridaceae
- 多枝霉草 Sciaphila ramosa Fukuy. & T. Suzuki （瀕臨絕滅）
蓼科 Polygonaceae
- 台灣何首烏 Polygonum multiflorum Thunb. ex Murray var. hypoleucum (Ohwi) Liu, Ying & Lai （特有種）
- 畢祿山蓼 Polygonum pilushanense Liu & Ou （特有種）
樺澤燈錦鴨龍蕁檀爵穗薑薔薯檉藍雙鞭
樺木科 Betulaceae
- 太魯閣千金榆 Carpinus hebestroma Yamamoto （疑問種）
- 蘭邯千金榆 Carpinus rankanensis Hayata （特有種）
燈心草科 Juncaceae
- 大井氏燈心草 Juncus ohwianus M. T. Kao & DeVol （特有種）
- 玉山燈心草 Juncus triflorus Ohwi （特有種）
- 台灣地楊梅 Luzula taiwaniana Satake （特有種）
錦葵科 Malvaceae
- 山芙蓉 Hibiscus taiwanensis Hu （特有種）
鴨跖草科 Commelinaceae
- 川上氏鴨舌疝 Belosynapsis kawakamii (Hayata) C. I Peng & Y. J. Chen （稀有）
龍膽科 Gentianaceae
- 阿里山龍膽 Gentiana arisanensis Hayata （特有種）
- 黃斑龍膽 Gentiana flavomaculata Hayata var. flavomaculata （特有種）
- 鴛鴦湖龍膽 Gentiana flavomaculata Hayata var. yuanyanghuensis C. H. Chen & J. C Wang （特有種）
- 高山龍膽 Gentiana horaimontana Masam. （受到威脅）
- 伊澤山龍膽 Gentiana itzershanensis T. S. Liu & Chiu C. Kuo （受到威脅）
- 高雄龍膽 Gentiana kaohsiungensis C. H. Chen & J. C. Wang （疑問種）
- 玉山龍膽 Gentiana scabrida Hayata var. scabrida （特有種）
- 黑斑龍膽 Gentiana scabrida Hayata var. punctulata S. S. Ying （特有種）
- 太魯閣龍膽 Gentiana tarokoensis C. H. Chen & J. C. Wang （瀕臨絕滅）
- 塔塔加龍膽 Gentiana tatakensis Masam. （受到威脅）
- 厚葉龍膽 Gentiana tentyoensis Masam. （瀕臨絕滅）
- 台東龍膽 Gentiana tenuissima Hayata （受到威脅）
- 奇萊肋柱花 Lomatogonium chilaiensis C. H. Chen & J. C. Wang （瀕臨絕滅）
- 阿里山當藥 Swertia arisanensis Hayata （稀有）
- 新店當藥 Swertia shintenensis Hayata （稀有）
- 高山當藥 Swertia tozanensis Hayata （特有種）
- 台北肺形草 Tripterospermum alutaceifolium (T. S. Liu & Chiu C. Kuo) J. Murata （特有種）
- 高山肺形草 Tripterospermum cordifolium (Yamamoto) Satake （特有種）
- 玉山肺形草 Tripterospermum lanceolatum (Hayata) Hara ex Satake （特有種）
- 小葉肺形草 Tripterospermum microphyllum H. Smith （稀有）
- 台灣肺形草 Tripterospermum taiwanense (Masam.) Satake （特有種）
蕁麻科 Urticaceae
- 花蓮苧麻 Boehmeria hwaliensis Liu & Lu （疑問種）
- 畢祿山苧麻 Boehmeria pilushanensis Liu & Lu （特有種）
- 長葉苧麻 Boehmeria wattersii (Hance) Shih & Yang （特有種）
- 紅頭咬人狗 Dendrocnide kotoensis (Hayata ex Yamamoto) Shih & Yang （受到威脅）
- 銳齒樓梯草 Elatostema acuteserratum Shih & Yang （受到威脅）
- 糙梗樓梯草 Elatostema hirtellipedunculatum Shih & Yang （特有種）
- 白背樓梯草 Elatostema hypoglaucum Shih & Yang （特有種）
- 微頭花樓梯草 Elatostema microcephalanthum Hayata （特有種）
- 多溝樓梯草 Elatostema multicanaliculatum Shih & Yang （疑問種）
- 溪澗樓梯草 Elatostema rivulare Shih & Yang （特有種）
- 微粗毛樓梯草 Elatostema strigillosum Shih & Yang （疑問種）
- 近革葉樓梯草 Elatostema subcoriaceum Shih & Yang （特有種）
- 裂葉樓梯草 Elatostema trilobulatum (Hayata) Yamazaki （特有種）
- 柔毛樓梯草 Elatostema villosum Shih & Yang （疑問種）
- 小葉石薯 Gonostegia matsudai (Yamamoto ) Yamamoto & Masam. （特有種）
- 橢圓葉冷水麻 Pilea elliptifolia Shih & Yang （疑問種）
- 奮起湖冷水麻 Pilea funkikensis Hayata （特有種）
- 細尾冷水麻 Pilea matsudai Yamamoto （特有種）
- 圓果冷水麻 Pilea rotundinucula Hayata （特有種）
- 細葉冷水麻 Pilea somai Hayata （特有種）
- 台灣蕁麻 Urtica taiwaniana Ying （特有種）
爵床科 Acanthaceae
- 銀脈爵床 Codonacanthus albo-nervosa (Hosok.) Yuen P. Yang （稀有）
- 大安水蓑衣 Hygrophila pogonocalyx Hayata （瀕臨絕滅）
- 早田氏爵床 Justicia procumbens L. var. hayatae (Yamamoto) Ohwi （受到威脅）
- 密毛爵床 Justicia procumbens L. var. hirsuta Yamamoto （受到威脅）
- 狹葉爵床 Justicia procumbens L. var. linearifolia Yamam. （受到威脅）
- 柳葉鱗球花 Lepidagathis stenophylla Clarke ex Hayata （受到威脅）
- 台灣明萼草 Rungia taiwanensis Yamazaki （特有種）
- 曲莖馬藍 Strobilanthes flexicaulis Hayata （特有種）
- 台灣馬藍 Strobilanthes formosanus Moore （特有種）
- 長穗馬藍 Strobilanthes longespicatus Hayata （特有種）
- 蘭崁馬藍 Strobilanthes rankanensis Hayata （特有種）
穗花杉科 Amentotaxaceae
- 台灣穗花杉 Amentotaxus formosana H. L. Li （受到威脅）
薑科 Zingiberaceae
- 川上氏月桃 Alpinia kawakamii Hayata （特有種）
- 屈尺月桃 Alpinia kusshakuensis Hayata （特有種）
- 角板山月桃 Alpinia mesanthera Hayata （特有種）
- 普來氏月桃 Alpinia pricei Hayata （特有種）
- 阿里山月桃 Alpinia sessiliflora Kitamura （特有種）
- 島田氏月桃 Alpinia shimadae Hayata （特有種）
- 屯鹿月桃 Alpinia tonrokuensis Hayata （特有種）
- 烏來月桃 Alpinia uraiensis Hayata （特有種）
- 蘭嶼法式薑 Vanoverberghia sasakiana H. Funak. & H. Ohashi （受到威脅）
- 三奈 Zingiber kawagoii Hayata （特有種）
- 少葉薑 Zingiber oligophyllum K. Schum. （疑問種）
薔薇科 Rosaceae
- 台灣舖地蜈蚣 Cotoneaster konishii Hayata （特有種）
- 玉山舖地蜈蚣 Cotoneaster morrisonensis Hayata （特有種）
- 樂山舖地蜈蚣 Cotoneaster rokujodaisanensis Hayata （疑問種）
- 武威山枇杷 Eriobotrya deflexa (Hemsl.) Nakai f. buisanensis (Hayata) Nakai （特有種）
- 山枇杷 Eriobotrya deflexa (Hemsl.) Nakai f. deflexa （特有種）
- 台灣蚊子草 Filipendula kiraishiensis Hayata （稀有）
- 台灣草莓 Fragaria hayatai Makino （特有種）
- 台東石楠 Photinia ardisiifolia Hayata （稀有）
- 毛瓣石楠 Photinia lasiopetala Hayata （受到威脅）
- 高山飜白草 Potentilla matsumurae Th. Wolf. var. pilosa Koidz. （特有種）
- 雪山飜白草 Potentilla tugitakensis Masam. （稀有）
- 清水石楠 Pourthiaea chingshuiensis T. Shimizu （受到威脅）
- 台灣石楠 Pourthiaea lucida Decaisne （特有種）
- 小葉石楠 Pourthiaea villosa (Thunb. ex Murray) Decne. var. parvifolia (Pritz.) Iketani & Ohashi （特有種）
- 假皂莢 Prinsepia scandens Hayata （特有種）
- 太平山櫻花 Prunus matuurai Sasaki （特有種）
- 霧社山櫻花 Prunus taiwaniana Hayata （特有種）
- 山白櫻 Prunus takasagomontana Sasaki （受到威脅）
- 阿里山櫻花 Prunus transarisanensis Hayata （疑問種）
- 台灣火刺木 Pyracantha koidzumii (Hayata) Rehder （瀕臨絕滅）
- 台灣野梨 Pyrus taiwanensis Iketani & Ohashi （疑問種）
- 臺灣光葉薔薇 Rosa luciae Fr. & Rochebr. var. rosea Li （疑問種）
- 台灣野薔薇 Rosa multiflora Thunb. ex Murray var. formosana Cardot （特有種）
- 太魯閣薔薇 Rosa pricei Hayata （疑問種）
- 玉山野薔薇 Rosa sericea Lindl. var. morrisonensis (Hayata) Masam. （稀有）
- 小金櫻 Rosa taiwanensis Nakai （特有種）
- 灰葉懸鉤子 Rubus arachnoideus Liu & Lu （特有種）
- 禿懸鉤子 Rubus croceacanthus Lévl. var. glaber Koidz. （特有種）
- 梣葉懸鉤子 Rubus fraxinifoliolus Hayata （特有種）
- 桑葉懸鉤子 Rubus kawakamii Hayata （特有種）
- 蘭嶼懸鉤子 Rubus lanyuensis Chang （疑問種）
- 柳氏懸鉤子 Rubus liuii Yang & Lu （稀有）
- 尾葉懸鉤子 Rubus morii Hayata （特有種）
- 粗毛懸鉤子 Rubus nagasawanus Koidz. （特有種）
- 小梣葉懸鉤子 Rubus parviaraliifolius Hayata （特有種）
- 台東紅梅消 Rubus parvifolius L. var. toapiensis (Yamamoto) Hosok. （特有種）
- 清水懸鉤子 Rubus pseudoacer Makino subsp. flexuosus (Liu & Lu) H. Ohashi & Hsieh （特有種）
- 毛刺懸鉤子 Rubus pungens Camb. var. oldhamii (Miq.) Maxim. （特有種）
- 李棟山懸鉤子 Rubus ritozanensis Sasaki （特有種）
- 台東刺花懸鉤子 Rubus taitoensis Hayata var. taitoensis （特有種）
- 刺花懸鉤子 Rubus taitoensis Hayata var. aculeatiflorus (Hayata) H. Ohashi & Hsieh （特有種）
- 台灣莓 Rubus taiwanicolus Koidz. & Ohwi （特有種）
- 玉里懸鉤子 Rubus yuliensis Liu & Lu （特有種）
- 巒大花楸 Sorbus randaiensis (Hayata) Koidz. （特有種）
- 台灣繡線菊 Spiraea formosana Hayata （特有種）
- 假繡線菊 Spiraea hayatana Li （稀有）
- 玉山繡線菊 Spiraea morrisonicola Hayata （特有種）
- 太魯閣繡線菊 Spiraea tarokoensis Hayata （受到威脅）
薯蕷科 Dioscoreaceae
- 掌葉薯 Dioscorea codonopsifolia Kamikoti 併入蘭嶼田薯 （疑問種）
- 基隆野山藥 Dioscorea japonica Thunb. var. pseudojaponica (Hayata) Yamamoto （特有種）
- 圓錐花薯蕷 Dioscorea kaoi T.S.Liu & T.C.Huang 併入南華薯蕷 （疑問種）
繖羅臘藜罌蘇鐘獼臙續蘭鐵露鬚纖
繖形科 Apiaceae
- 野當歸 Angelica dahurica (Fisch.) Benth. & Hook. var. formosana (Boiss.) Yen （疑問種）
- 濱當歸 Angelica hirsutiflora Liu, Chao & Chuang （受到威脅）
- 森氏當歸 Angelica morii Hayata （特有種）
- 玉山當歸 Angelica morrisonicola Hayata （特有種）
- 南湖當歸 Angelica morrisonicola Hayata var. nanhutashanensis Liu, Chao & Chuang （特有種）
- 太魯閣當歸 Angelica tarokoensis Hayata （受到威脅）
- 高氏柴胡 Bupleurum kaoi Liu, Chao & Chuang （瀕臨絕滅）
- 台灣芎窮 Cnidium monnieri (L.) Gusson var. formosanum (Yabe) Kitagawa （特有種）
- 玉山彎柱芎 Conioselinum morrisonense Hayata （特有種）
- 基隆天胡荽 Hydrocotyle keelungensis Liu, Chao & Chuang （疑問種）
- 阿里山天胡荽 Hydrocotyle setulosa Hayata （特有種）
- 翼莖水芹菜 Oenanthe pterocaulon Liu, Chao & Chuang （特有種）
- 山薰香 Oreomyrrhis involucrata Hayata （特有種）
- 南湖山薰香 Oreomyrrhis nanhuensis C. H. Chen & J. C. Wang （疑問種）
- 台灣山薰香 Oreomyrrhis taiwaniana Masam. （疑問種）
- 台灣前胡 Peucedanum formosanum Hayata （特有種）
- 玉山茴香 Pimpinella niitakayamensis Hayata （特有種）
- 五葉山芹菜 Sanicula petagnioides Hayata （特有種）
羅漢松科 Podocarpaceae
- 叢花百日青 Podocarpus fasciculus de Laub. （受到威脅）
- 桃實百日青 Podocarpus nakaii Hayata （受到威脅）
藜科 Chenopodiaceae
- 台灣藜 Chenopodium formosanum Koidz. （特有種）
蘇鐵科 Cycadaceae
- 台東蘇鐵 Cycas taitungensis C. F. Shen, K. D. Hill, C. H. Tsou & C. J. Chen （受到威脅）
獼猴桃科 Actinidiaceae
- 台灣羊桃 Actinidia chinensis Planch. var. setosa Li （特有種）
續斷科 Dipsacaceae
- 玉山山蘿蔔 Scabiosa lacerifolia Hayata （特有種）
蘭科 Orchidaceae
- 高山雛蘭 Amitostigma alpestre Fukuy. （特有種）
- 金線蓮 Anoectochilus formosanus Hayata （稀有）
- 恆春金線蓮 Anoectochilus koshunensis Hayata （稀有）
- 台灣竹葉蘭 Appendicula formosana Hayata （受到威脅）
- 長葉竹節蘭 Appendicula terrestris Fukuyama （特有種）
- 小鹿角蘭 Ascocentrum pumilum (Hayata) Schltr. （特有種）
- 白毛捲瓣蘭 Bulbophyllum albociliatum (T. S. Liu & H. J. Su) Nackejima （特有種）
- 小豆蘭 Bulbophyllum aureolabellum T. P. Lin （特有種）
- 紫紋捲瓣蘭 Bulbophyllum melanoglossum Hayata （特有種）
- 紅心豆蘭 Bulbophyllum rubrolabellum T. P. Lin （特有種）
- 鸛冠蘭 Bulbophyllum setaceum T. P. Lin （稀有）
- 台灣捲瓣蘭 Bulbophyllum taiwanense (Fukuy.) Nackejima （受到威脅）
- 小葉豆蘭 Bulbophyllum tokioi Fukuy. （稀有）
- 輻形根節蘭 Calanthe actinomorpha Fukuy. （稀有）
- 阿里山根節蘭 Calanthe arisanensis Hayata （特有種）
- 高山金蘭 Cephalanthera alpicola Fukuy. （特有種）
- 羽唇指柱蘭 Cheirostylis inabai Hayata （特有種）
- 和社指柱蘭 Cheirostylis tortilacinia C. S. Leou （受到威脅）
- 大蜘蛛蘭 Chiloschista segawae (Masam.) Masam. & Fukuy. （稀有）
- 紅盔蘭 Corybas taiwanensis T. P. Lin & S. Y. Leu （疑問種）
- 菅草蘭 Cymbidium tortisepalum Fukuyama （稀有）
- 大竹柏蘭 Cymbidium lancifolium Hook. f. var. syunitianum (Fukuy.) Ying （稀有）
- 一點紅 Cypripedium formosanum Hayata （特有種）
- 黃花老虎七 Cypripedium segawai Masam. （受到威脅）
- 雙花石斛 Dendrobium furcatopedicellatum Hayata （疑問種）
- 細莖石斛 Dendrobium leptocladum Hayata （稀有）
- 小雙花石斛 Dendrobium somai Hayata （特有種）
- 臘石斛 Epigeneium nakaharai (Schltr.) Surnmerh. （特有種）
- 台灣鈴蘭 Epipactis ohwii Fukuyama （特有種）
- 紫芋蘭 Eulophia taiwanensis Hayata （特有種）
- 尖葉暫花蘭 Flickingeria tairukounia (S. S. Ying) T. P. Lin （疑問種）
- 金松蘭 Gastrochilus flavus T. P. Lin （疑問種）
- 紅斑松蘭 Gastrochilus fuscopunctatus (Hayata) Hayata （特有種）
- 何氏松蘭 Gastrochilus hoii T. P. Lin （稀有）
- 寬唇松蘭 Gastrochilus matsudai Hayata （稀有）
- 紅檜松蘭 Gastrochilus raraensis Fukuy. （特有種）
- 無蕊喙赤箭 Gastrodia appendiculata C. S. Leou & N. J. Chung. （受到威脅）
- 夏赤箭 Gastrodia flabilabella S. S. Ying （受到威脅）
- 春赤箭 Gastrodia fontinalis T. P. Lin （受到威脅）
- 秋赤箭 Gastrodia peichatieniana S. S. Ying （特有種）
- 阿里山斑葉蘭 Goodyera arisanensis Hayata （稀有）
- 長葉斑葉蘭 Goodyera bilamellata Hayata （特有種）
- 大武斑葉蘭 Goodyera daibuzanensis Yamam. （特有種）
- 南湖斑葉蘭 Goodyera nankoensis Fukuy. （特有種）
- 哥綠懷蘭 Goodyera seikoomontana Yamam. （受到威脅）
- 蘭嶼金銀草 Goodyera yamiana Fukuy. （受到威脅）
- 小小班葉蘭 Goodyera yangmeshanensis T. P. Lin （特有種）
- 翹唇玉鳳蘭 Habenaria longiracema Fukuy. （特有種）
- 香蘭 Haraella retrocalla (Hayata) Kudo （稀有）
- 小騎士蘭 Hippeophyllum pumilum Fukuyama ex Massm. （特有種）
- 密花小騎士蘭 Hippeophyllum seidenfadenii Su （特有種）
- 蘭嶼光唇蘭 Hylophila nipponica (Fukuyama) S. S. Ying （受到威脅）
- 紋皿柱蘭 Lecanorchis thalassica T. P. Lin （受到威脅）
- 白花羊耳蘭 Liparis amabilis Fukuy. （疑問種）
- 齒唇羊耳蘭 Liparis henryi Rolfe （特有種）
- 明潭羊耳蘭 Liparis hensoaensis Kudo （疑問種）
- 尾唇羊耳蒜 Liparis krameri Franch. & Sav. var. sasakii (Hay.) T. Hashim （瀕臨絕滅）
- 虎頭石 Liparis nakaharai Hayata （特有種）
- 高士佛羊耳蘭 Liparis somai Hayata （受到威脅）
- 黃花羊耳蘭 Liparis sootenzanensis Fukuy. （特有種）
- 關山雙葉蘭 Listera kuanshanensis H. J. Su （疑問種）
- 大花雙葉蘭 Listera macrantha Fukuy. （特有種）
- 梅峰雙葉蘭 Listera meifongensis H. J. Su & C. Y. Hu （受到威脅）
- 玉山雙葉蘭 Listera morrisonicola Hayata （特有種）
- 南湖雙葉蘭 Listera nankomontana Fukuy. （受到威脅）
- 裂唇雙葉蘭 Listera pseudonipponica Fukuy. （瀕臨絕滅）
- 三角雙葉蘭 Listera suzukii Masam. （特有種）
- 大山雙葉蘭 Listera taizanensis Fukuy. （受到威脅）
- 安朔金釵蘭 Luisia cordata Fukuy. （疑問種）
- 台灣釵子股 Luisia megasepala Hayata （特有種）
- 阿里山全唇蘭 Myrmechis drymoglossifolia Hayata （特有種）
- 蘭嶼脈葉蘭 Nervilia lanyuensis S. S. Ying （疑問種）
- 大莪白蘭 Oberonia gigantea Fukuy. （瀕臨絕滅）
- 小騎士蘭 Oberonia pumila (Fukuyama ex S. C. Chen & K. Y. Lang) S. S. Ying ex Ormerod （受到威脅）
- 密花小騎士蘭 Oberonia seidenfadenii (H. J. Su) Ormerod （受到威脅）
- 大霸山蘭 Oreorchis bilamellata Fukuy. （特有種）
- 大芙樂蘭 Phreatia morii Hayata （特有種）
- 白芙樂蘭 Phreatia taiwaniana Fukuy. （稀有）
- 短距粉蝶蘭 Platanthera brevicalcarata Hayata （特有種）
- 長葉蜻蛉蘭 Platanthera devolii (T. P. Lin & T. W. Hu) T. P. Lin & K. Inoue （特有種）
- 惠粉蝶蘭 Platanthera mandarinorum Reichb. f. subsp. formosana T. P. Lin & K. Inoue （特有種）
- 厚唇粉蝶蘭 Platanthera mandarinorum Reichb. f. subsp. pachyglossa (Hayata) T. P. Lin （特有種）
- 狹唇粉蝶蘭 Platanthera stenoglossa Hayata （特有種）
- 陰粉蝶蘭 Platanthera yangmeiensis T. P. Lin （特有種）
- 黃繡球蘭 Pomatocalpa acuminata (Rolfe) Schltr. （特有種）
- 紅小蝶蘭 Ponerorchis kiraishiensis (Hayata) Ohwi （特有種）
- 台灣小蝶蘭 Ponerorchis taiwanensis (Fukuy.) Ohwi （特有種）
- 高山紅蘭 Ponerorchis takasago-montana (Masam.) Ohwi （稀有）
- 紅斑蘭 Ponerorchis tominagai (Hayata) H. J. Su & J. J. Chen （稀有）
- 扁蜘蛛蘭 Taeniophyllum complanatum Fukuy. （稀有）
- 小白蛾蘭 Thrixspermum saruwatarii (Hayata) Schltr. （特有種）
- 南湖蠅蘭 Tipularia odorata Fukuy. （特有種）
- 紅頭蘭 Tuberolabium kotoense Yamam. （受到威脅）
- 旗唇蘭 Vexillabium integrum (Fukuy.) S. S. Ying （受到威脅）
- 全唇線柱蘭 Zeuxine integrilabella C. S. Leou （稀有）
- 裂唇線柱蘭 Zeuxine tabiyahanensis (Hayata) Hayata （稀有）
纖花草科 Theligonaceae
- 台灣纖花草 Theligonum formosanum (Ohwi) Ohwi & Liu （特有種）
